სახელმწიფო უსაფრთხოების აკადემიამ სამაგისტრო პროგრამაზე სტუდენტების პირველი ნაკადი მიიღო. 2026 წელს პირველად ამოქმედებულ სამაგისტრო პროგრამაზე სწავლის უფლება 20-მა კანდიდატმა მოიპოვა. პროგრამა სტუდენტებს შესაძლებლობას აძლევს, უმაღლესი ხარისხის განათლება მაღალკვალიფიციური, პრაქტიკული გამოცდილების მქონე აკადემიური პერსონალისგან მიიღონ. სამაგისტრო პროგრამაზე სწავლა სრულად ფინანსდება სახელმწიფოს მიერ. სახელმწიფო უსაფრთხოების აკადემია უზრუნველყოფს სტუდენტების სამეცნიერო-კვლევითი საქმიანობის დაფინანსებასაც. პროგრამის წარმატებით დასრულების შემდეგ კურსდამთავრებულებს სახელმწიფო უსაფრთხოების მაგისტრის ხარისხი მიენიჭებათ.